카드매출 세액공제 한도 '반토막'…약국 영향은?

• [약담소] 이재명 미래세무법인 세무사
• 공제율 1.3→1.2%·연간 한도 1000만→500만원
• 과세 카드매출 5억원 약국 공제액 150만원 감소
• "일반약 등 과세 매출 많은 약국일수록 영향 커"

[데일리팜=김지은 기자] 정부가 최근 2026년 세제 개편안을 발표했습니다. 약국을 운영하는 약사들이 눈여겨봐야 할 내용도 있는데요. 대표적인 것이 신용카드 등 매출세액공제입니다.

정부는 올해 말 종료 예정이었던 신용카드 등 매출세액공제 우대 적용을 연장하는 대신 공제율과 한도를 조정하기로 했습니다.

현재 개인 사업자에게 적용되는 우대 공제율은 1.3%, 연간 공제한도는 1000만원인데요. 개정안이 국회를 통과하면 내년부터 우대공제율은 1.2%로 낮아지고 연간 한도 역시 500만원으로 줄어들게 됩니다. 

언뜻 0.1%포인트 차이로 보이지만 카드매출 규모가 큰 사업자 입장에서는 연간 공제한도가 절반으로 줄어든다는 점을 주목할 필요가 있습니다.

특히 약국은 처방조제뿐만 아니라 일반의약품, 건강기능식품, 화장품 등 다양한 매출이 함께 발생하는 만큼 실제 세 부담에 어떤 영향을 미치는지 궁금증이 생길 수밖에 없습니다.

최근에는 일반의약품과 건강기능식품, 화장품 등 과세매출 비중이 높은 약국도 적지 않은데요. 그렇다면 이번 세제개편안이 실제 약국에는 어떤 영향을 미치게 될까요. 이재명 미래세무법인 세무사와 함께 짚어보겠습니다.

Q. 세무사님, 먼저 이번 2026년 세제개편안 가운데 개국 약사들이 가장 관심을 가져야 할 부분은 무엇인가요?

[이재명 세무사] 여러 세제개편 내용 가운데 신용카드 등 매출세액공제 축소와 업무용승용차 관련 비용 인정 한도 변경을 눈여겨볼 필요가 있습니다. 

먼저 신용카드 등 매출세액공제는 카드매출 등에 일정 비율을 곱한 금액을 부가가치세 납부세액에서 공제해주는 제도입니다.

현재는 2026년 말까지 발행금액의 1.3%를 연간 1000만원 한도로 공제하는 구조인데요. 개편안에는 공제율을 1.2%로 낮추고 한도 역시 연간 500만원으로 축소하는 내용이 담겼습니다.

업무용승용차 관련 비용 인정 한도도 달라집니다. 현재 개인사업자는 업무용승용차에 대해 연간 800만원까지 5년간 감가상각비로 경비처리할 수 있습니다.

개정안이 시행되면 2027년부터 전기차와 수소차를 업무용승용차로 등록하는 경우 연간 1000만원씩 5년 동안 감가상각비를 경비처리할 수 있게 됩니다. 반면 일반 내연기관 차량은 연간 한도가 700만원으로 축소됩니다.

따라서 새롭게 승용차를 구매할 예정인 약사라면 차종에 따른 경비처리 금액의 차이도 고려할 필요가 있습니다.

Q. 신용카드 등 매출세액공제라는 제도부터 생소한 약사들도 있을 것 같습니다. 어떤 제도인지, 약국에서는 어떤 매출이 대상이 되는지 설명해 주세요.

[이재명 세무사] 신용카드 등 매출세액공제는 쉽게 말해 소비자를 상대로 사업을 하는 개인 사업자가 카드나 현금영수증으로 매출을 발생 시켰을 때 일정 금액을 부가가치세에서 직접 공제해주는 제도입니다.

다만 약국에서 발생하는 모든 매출이 세액공제 대상이 되는 것은 아닙니다. 처방전에 따른 조제 관련 매출은 면세 매출이기 때문에 신용카드로 결제를 받았더라도 해당 매출에 대해서는 세액공제를 받을 수 없습니다.

반면 일반의약품과 건강기능식품, 화장품 등 부가가치세가 과세 되는 상품을 판매하고 카드나 현금영수증으로 결제를 받았다면 해당 과세 매출은 공제 대상이 됩니다.

따라서 약국의 카드매출이 10억원이라고 해서 10억원 전체에 1.2%를 곱하는 방식으로 계산하는 것은 아닙니다. 과세 매출 가운데 신용카드·현금영수증 등 공제 대상 발행 금액을 기준으로 계산한다는 점이 핵심입니다.

Q. 이번 개편안에 따르면 공제율은 1.3%에서 1.2%로 낮아지고 연간 공제한도는 1000만원에서 500만원으로 줄어듭니다. 실제 약국이 체감할 정도의 변화라고 볼 수 있을까요?

[이재명 세무사] 공제율만 보면 0.1%포인트 하락이기 때문에 영향이 크지 않아 보일 수 있습니다. 하지만 실제로는 공제한도가 1000만원에서 500만원으로 절반으로 줄어드는 것이 더 큰 변화입니다.

예를 들어 공제 대상 카드매출이 3억원이라면 현재는 3억원에 1.3%를 적용한 390만원을 공제받을 수 있고 개편 후에는 1.2%를 적용해 360만원을 공제받게 됩니다. 차이는 30만원입니다.

그런데 공제 대상 카드매출이 5억원이면 현행 기준으로는 650만원입니다. 개편 후 1.2%를 적용하면 600만원이지만 연간 한도가 500만원으로 줄어들기 때문에 실제 공제액은 500만원입니다. 즉, 카드매출이 커질수록 단순한 공제율 인하보다 한도 축소의 영향이 훨씬 커집니다.

현행 제도에서는 1000만원 한도에 도달하려면 공제 대상 발행금액이 약 7억6923만원 이상이어야 합니다. 반면 개편 이후에는 약 4억1667만원만 넘어도 500만원 한도에 도달합니다.

지금까지는 과세 카드매출이 7억~8억원 정도 돼야 공제한도가 문제가 됐다면 앞으로는 4억2000만원 안팎부터 한도에 걸리기 시작하는 겁니다.

특히 과세 대상 매출, 즉 일반약 등의 매출이 4억~7억원 사이인 약국에서는 공제율 인하에 따른 부담에 더해 공제한도 축소에 따른 부담까지 추가로 발생하게 됩니다.

Q. 약사들이 가장 궁금해 할 부분이 실제 금액일 것 같습니다. 과세 대상 카드매출을 기준으로 연간 3억원, 5억원, 7억원, 10억원인 약국을 가정한다면 현행 제도와 개편 이후 공제액에는 각각 어느 정도 차이가 발생하게 될까요?

[이재명 세무사] 공제 대상이 되는 과세 카드매출만 있다고 가정해 단순 계산하면 다음과 같습니다.

과세 카드매출	현행 공제액(1.3%)	개편 후 실제 공제액(1.2%)	공제액 차이
3억원	390만원	360만원	30만원
5억원	650만원	500만원	150만원
7억원	910만원	500만원	410만원
10억원	1000만원	500만원	500만원

3억원 정도에서는 연간 30만원 차이에 그치지만 5억원부터는 150만원으로 차이가 커집니다. 7억원이면 410만원, 10억원이면 최대 500만원까지 공제액이 줄어듭니다.

특히 개편 이후에는 공제 대상 카드매출이 약 4억1667만원만 넘어도 연간 500만원 한도가 적용된다는 점을 기억할 필요가 있습니다.

Q. 결국 약국마다 매출 구조에 따라 영향이 크게 달라질 것 같습니다. 이번 개편으로 상대적으로 영향을 많이 받게 되는 약국은 어떤 유형일 것으로 보시나요?

[이재명 세무사] 가장 영향을 많이 받는 약국은 과세매출 비중이 높으면서 해당 과세매출의 상당 부분이 카드나 현금영수증으로 결제되는 약국입니다. 특히 일반약 매출이 많은 약국들이 직접적으로 세 부담 증가를 체감할 수 있습니다.

반대로 처방조제 중심 약국은 전체 매출 규모가 아무리 크더라도 면세매출 비중이 높다면 신용카드 등 매출세액공제 축소에 따른 세 부담 증가는 상대적으로 크지 않습니다.

결국 약국 전체 매출이 얼마인지를 보는 것보다는 일반의약품이나 건강기능식품, 화장품 등 과세 대상 매출이 얼마나 되고, 이 가운데 카드·현금영수증 결제 비중이 어느 정도인지를 살펴보는 것이 중요합니다.