대법 "사무장병원 진료비 부가세 대상"…면대약국도 영향권

• "비의료인이 고용한 의사 진료는 과세 대상"
• "건보공단 부당이득 환수돼도 부가가치세 과세표준 포함"

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[데일리팜=강신국 기자] 비의료인이 의사를 고용해 운영하는 이른바 ‘사무장병원’에서 제공된 의료보건 용역은 부가가치세 면제 대상이 아니라며 부가세를 부과해야 한다는 대법원 최종 판결이 나왔다.

또한 국민건강보험공단으로부터 요양급여비용을 부당이득으로 환수당했더라도, 해당 금액을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수는 없다는 법리도 재확인됐다. 

이번 판결은 향후 면대약국의 세금 부과에도 영향을 줄 판례로 보여 주목된다. 

대법원 제1부(주심 천대엽 대법관)는 의료법인 A의료재단(원고)과 대전세무서장(피고)이 제기한 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소소송 상고심에서 양측의 상고를 모두 기각하고 원심 판결을 확정했다고 16일 밝혔다.

사건은 비의료인인 A씨가 2008년 충남 소재 한 요양병원의 운영권을 포괄 인수하면서 시작됐다. A씨는 자신이나 처남을 이사장으로 내세워 병원을 실질적으로 운영하며 의사들을 고용해 환자를 진료했고, 건보공단으로부터 약 136억 원의 요양급여비를 지급받았다.

이후 건보공단은 의료법상 무자격자 개설 금지 위반을 이유로 부당이득 징수처분을 내렸고, 국세청 세무조사를 통해 대전세무서가 부가가치세 및 법인세를 부과하자 의료재단 측은 이에 불복해 소송을 제기했다.

대법은 구 부가가치세법상 면제 대상인 '의료보건 용역'은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 돼 적법하게 제공하는 용역에 한정된다고 판단했다. 따라서 비의료인이 의사를 고용해 제공한 진료 용역은 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다고 단정했다.

반면 의료재단 측은 건보공단에 요양급여비를 환수당한 만큼 부가가치세 과세표준에서 빼줘야 한다고 주장했다. 

그러나 대법원은 "건보공단의 부당이득징수처분은 당초 거래 이후에 이뤄지는 제재처분에 불과하다"며 "징수금이 실제 납부됐더라도 이미 발생한 '의료 용역 공급 거래'의 효력이 소급하여 사라지거나 공급가액이 줄어드는 것은 아니므로 과세표준에서 제외할 수 없다"고 지적했다. 

한편, 세무서 측이 주장한 '10년의 부과제척기간(사기 기타 부정한 행위)'에 대해 대법원은 원심의 손을 들어줬다. 의료재단이 적법한 의료기관인 것처럼 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐, 회계장부를 조작하는 등 적극적인 포탈 행위를 한 것으로 보기는 어렵다는 이유에서다. 이에 따라 무신고 제척기간인 7년이 경과한 일부 부가가치세 부과 처분은 취소 대상이 됐다.

이번 판결은 사무장병원에 대한 세법상 면세 혜택을 전면 부정함으로써 불법 의료기관 개설에 대한 경각심을 다시 한번 고취시켰다. 아울러 행정적 제재(건보 환수)와 조세 부과(부가가치세)의 독립적인 성격을 명확히 정리했다는 점에서 향후 유사 소송에 중요한 선례가 될 전망이다.