국립중앙의료원은 직원들의 청렴도와 업무 만족도가 매우 낮은 것으로 드러났다. 18일 국민의당 최도자 의원이 국립중앙의료원으로부터 제출받은 국정감사 자료에 따르면, 최근 3년간(2014년~2016년) 국립중앙의료원 종합청렴도는 매년 1단계씩 하락하고 있고, 내부청렴도는 29개 의료원 중 2년 연속 꼴찌를 기록한 곳으로 나타났다. 국민권익위원회에 따르면, 2016년도 내부청렴도 측정결과 중 물품수수 직간접 경험(1.06점), 진료비의 허위·부당청구 경험(1.40점), 연고주의에 의한 인사관리(4.14점) 등이 타 의료원에 비해 매우 낮은 수준으로 평가하고 있다.

또한 국립중앙의료원 자체조사인 내부고객만족도 조사에서도 대부분의 지표가 하락하고 있고, 특히 인사관리에 관한 만족도는 2014년에 비해 5.6점 하락했다.

하지만 국립중앙의료원의 청렴도 측정 및 내부고객만족도 조사는 감사팀장을 제외한 감사팀 팀원 1인이 감사팀의 모든 업무와 병행하면서 담당하고 있다. 내부고객만족도는 QI팀에서 담당하고 있으나, QI팀 담당자 역시 다른 주 업무와 병행하고 있는 실정이다. 최도자 의원은 "국립중앙의료원 직원들의 만족도를 높이기 위한 획기적인 대책 마련이 시급하다"며 "투명한 인사관리와 부패근절을 위한 혁신에서부터 출발해야 할 것"이라고 지적했다.