[데일리팜=노병철 기자] 코로나19 확산 예방을 위해 현재 진행 중인 일부 제약사들의 세무조사가 지연되고 있는 것으로 알려졌다.

업계에 따르면 최근 대웅바이오, 바이엘코리아, 한미약품 등은 국세청 세무조사를 받고 있다. 이번 조사는 특별세무조사가 아닌 정기세무조사인 것으로 파악된다.

국세청은 지난달 30일 코로나19에 따른 정부의 사회적 거리두기에 적극 동참하기 위해 지방국세청과 일선세무서의 현장 세무조사를 최소화한다는 방침을 밝혔다. 이로 인해 제약업계의 세무조사 일정도 코로나19 사태가 진정될 때 까지 연기된 것으로 관측된다.

국세청은 "현장 세무조사를 집행하다 보면 조사요원 및 기업 실무팀과의 대면 접촉이 불가피하고, 기업에게도 심리적인 부담을 더 줄 수 있다는 판단에 따라 현장조사를 최소화하고 있다. 다만 마스크 손소독제 매점매석 등 죄질이 나쁘거나 급박한 사안에 대해서는 예정대로 실시하고 있다"고 밝혔다.

중부지방국세청은 지난 2월 중순부터 대웅바이오 사무실에 조사1국 직원들을 파견해 세무조사를 진행하고 있다.

대웅바이오 관계자는 "중부지방국세청 1·2·3국은 통상 일반적인 세무조사를 담당한다. 2015년 이후 5년 만에 받는 정기세무조사에 성실히 임하고 있다"고 설명했다.

중부지방국세청은 2015년 세무조사에서 대웅바이오가 CSO(영업대행업체)에 지급하는 수수료를 전액 접대비로 판단하고 이듬해 153억원의 세금을 추징한바 있다. 이에 대웅바이오는 조세심판원에 불복 심판을 제기, 최종적으로 국세청의 접대비 판단이 잘못되었음을 판결 받아 2017년 판매대행수수료 관련 추징세액 전액인 153억원을 되돌려 받은 선례가 있다.

조세심판원은 최종 판결문을 통해 과세관청의 주장과 달리 CSO의 실체가 명확하고, 계약에 따라 수수료를 지급, CSO 역시 대웅바이오 외 다른 제약회사의 의약품 판매대행도 하면서 수수료를 수입금액으로 제세 신고한 부분은 정상적인 영업활동으로 판단했다.

아울러 CSO 판매대행 활동이 약사법 등 관련 법률 및 사회질서 등에 위배된다고 보기 어려운 점 등을 근거로 회사가 CSO를 우회해 접대비를 지출한 것으로 보기 어렵다고 판결했다.

또한, 당시 대웅바이오가 CSO에 지급한 약 40%의 수수료를 접대비로 판단해 세금을 추징했으나, 조세심판원은 판결문을 통해 업계 통상적인 수준으로 특이성이 없다고 밝혔다. 현재 제약업계에서 통상적으로 CSO에 지급하는 수수료율은 40%~50%로 알려져 있다.

지난 세무조사에서 언급된 바 있는 오너일가의 특수관계법인도 대웅바이오가 운영 중인 다수의 CSO 중 하나로 현재 전체 CSO 운영수수료 중 1%에 못 미치는 것으로 확인됐다. 당시 대웅바이오는 약 200여개의 CSO를 활용하고 있었다.