[데일리팜=강신국 기자] 제약사가 의사 대상 심포지엄 비용과 시상금 등에 대해 과세 처분을 받자, 처분이 부당하다며 과세당국을 상대로 소송을 제기해 승소했다.

서울행정법원은 최근 A제약사가 용산세무서를 상대로 제기한 법인세 등 부과 처분 취소에서 원고 승소판결을 내렸다.

사건을 보면 A제약사는 지난 2020년 2월 세무조사를 받았다. 세무조사 결과 원고가 의료인을 대상으로 심포지엄을 개최하고 광고 선전비를 계상한 비용 중 의료인과 그 가족에게 제공한 숙박비, 식사비 등 약 20억 1800만원을 접대비로 보고 한도 초과분에 대해 손금 불산입한 것으로 판단했다.

아울러 학술대회 행사 등에 후원하고 광고선전비로 계상한 학회 시상금 등 5억2000만원을 비지정 기부금으로 보아 손금불산입했다는 게 세무당국의 판단이었다.

또한 B재단법인에 연구용역비로 지급한 5억원을 가공용역으로 보아 손금불산입한 것으로 드러났다.

조사청은 결국 2015년부터 2019년 사업연도 법인세(가산세 포함) 합계 16억1624만원과 2015년 2기분~2019년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 합계 2억5271만원을 각 경정·고지했다.

이에 제약사가 조사청의 처분은 절차상, 실체법적 하자가 있다며 소송을 제기 한 것.

재판부는 "이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 세무조사 대상자 선정사유에 해당하지 않는데도 세무조사권을 남용해 이뤄진 것으로 위법하고, 사건 처분도 위와 같이 위법한 세무조사를 통해 수집한 과세자료에 기초해 이뤄진 것으로서 적법절차의 원칙에 위반된다"고 말했다.

즉 시건 세무조자사 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 말하는 '신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라고 보기 어렵다는 것이다.

아울러 재판부는 "원고가 2015년 초반까지 거래하던 의학전문잡지사들이 다른 제약회사와 관련돼 리베이트 혐의로 검찰조사를 받았다고 해 원고가 위 잡지사 등을 통해 의사 등에게 리베이트를 제공했다거나 2015년 초반 이후 다른 대행업체 등을 통해 리베이트를 제공했다고 단정할 수 없고 그러한 사실을 객관적으로 인정할만한 아무런 증거가 없다"고 지적했다.

재판부는 "2015년경부터 접대비 지출이 감소하고 광고선전비 지출이 증가한 것이 이 사건 신고 내용에 탈루나 오류가 있었기 때문인지 아니면 접대비를 적게 지출하고 광고선전비를 많이 지출할 사유가 있었던 것인지 알 수 없는 점 등에 비춰 피고가 이 사건 세무조사 사유로 들고 있는 사정들이 사건 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있어 조세탈루의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료로 뒷받침돼 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다"고 판시했다.

재판부는 "실제로 사건 세무조사는 객관적인 자료에 의해 조사청이 탈루나 오류의 혐의가 있다고 본 심포지엄과 시상금 이외에도 원고의 연구용역비, 연구인력개발비, 수수료, 원고 대표이사의 교육비 등에 대해서까지 조사영역이 확장됐는데, 이는 사건 세무조사가 법인세 통합조사로 조사청이 조사 대상 과세기간 동안의 원고의 모든 회계자료를 제출받아 기존 세금 신고내용과 일일이 대조하고 오류를 찾아내는 방식으로 이뤄졌기 때문인 것으로 보인다"며 "조사청은 원고의 조세탈루나 오류를 인정할 만한 객관적인 자료가 존재하지 않음에도 막연한 추측에 기반해 세무조사에 착수한 이후 조사의 범위를 확대했는데 이는 최소성의 원칙에도 위반한 것으로 보인다"고 지적했다.