이렇게 답변을 주셨는데요....답변 감사합니다 ^^

건물과 함께 약국이 양도되는경우는 양도소득세로 과세가 됩니다. 
부동산양도가액은 총양도가액을 기준으로 작성되기때문에, 권리금을 따로 작성해서 구분해서 신고납부할수는 없습니다.
양도소득세에 해당하기때문에 ,요건에 해당한다면 장기보유특별공제도 받을수 있습니다. 
감사합니다

1. 만약에 약국을 먼저 매매를 하고(권리금을 받고), 1년정도가 경과된후에 약국상가를 매매를 한다면 권리금 을 기타소득으로 신고하고,  약국 상가는 양도세로 신고가 될수 있는지요?

2. 양도 소득세에 해당하기 때문에, 요건에 해당한다면. 장기보유특별공제도 받을수 있다하셨는데..그러면 요건이라하면 어떤 요건인가요?

1. 약국은 먼저 매도하며, 포괄양수도를 작성하여, 권리금을 받는형식으로 한다면, 그 권리금은 기타소득으로 될것입니다,

 나중에 부동산을 양도하게 된다면, 그 부분은 양도소득세로 부과가 될것입니다.

2. 3년이상 보유한 경우 기간에 따라 장기보유특별공제율을 적용받습니다.