한림대, 을지대, 가톨릭대 등 3개 학교법인이 5년 치 임상시험 연구비용에 대해 130억원 상당의 부가세 추징을 당하자 병원계가 임상연구 위축을 우려하는 분위기다.

국세청은 최근 2013년 하반기 일부 병원에 대한 세무조사 시 면세 대상인 줄 알았던 임상시험 연구비용에 부가세를 추징했다.

그동안 병원계는 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역은 면세 대상에 해당된다는 부가세법을 규정으로 신약 임상연구를 면세 대상으로 인식해 왔다.

K대학병원 관계자는 "우리 입장에서는 임상연구에 대한 부가세 추징이 벼락 맞은 기분"이라며 "임상연구는 병원만의 문제가 아니라 환자, 병원 직원들이 신약 개발을 위해 노력하는 과정 중 하나"라고 밝혔다.

이 병원 또 다른 관계자는 "정부가 글로벌 스탠다드 비정상의 정상화를 외치고 있고, 정상적인 글로벌스탠다드는 신약 임상연구에 대해 부가세를 부과하지 않는 것"이라며 "정상을 비정상화 하려는 움직임이 이해가지 않는다"고 지적했다.

S병원 관계자는 "국가에서 해야 하는 신약 임상연구를 병원이 대신 진행하는 것과 같은 것"이라며 "그동안 면세인줄 알았던 임상연구를 과세로 전환해 부가세를 추징하는 것은 병원 측에 책임을 돌리는 것"이라고 비난했다.

그는 "신약개발 임상연구는 연구를 맡은 교수들이 병원 측에 간접비로 10~25% 가량을 지불한다"며 "외국 병원은 진료수익이 아닌 연구수익으로 충당하는데 우리나라는 연구용역에 세금을 부과하면서 연구를 위축시키려 한다"고 비난했다.

◆의·병협 "부가세 부과정책 철회돼야"

국세청의 이 같은 부가세 추징 조치에 대한의사협회, 대한병원협회도 시정을 요구하고 나섰다.

대한의사협회는 "우리나라 임상시험의 가격경쟁력 저하 우려된다"며 "현 정부의 규제완화 정책과 배치된다"고 비난했다.

또 이미 임상시험 계약이 종료된 위탁기관(제약사)로부터 해당 세액을 받기 어려운 상황이라는 점을 지적했다.

의협은 "임상시험 건수 50%가 다국적 제약사와 계약"이라며 "부가가치세 부과로 인해 해당 병원과 다국적 제약사 간에 분쟁을 야기할 우려가 있으며, 궁극적으로 국가간의 분쟁으로 비화될 우려가 있다"고 주장했다.

따라서 국내 의료산업 발전과 임상실험 여건 개선의 저변확대를 위해 반드시 임상시험에 대한 부가가치세 부과는 철회되어야 하며, 지속적인 면세 적용이 필요하다는 입장이다.

대한병원협회는 국세청과 기획재정부에 시정을 요청한 상태다.

병협은 "그동안 국내·외 임상시험 용역 계약의 경우, 거래당사자들은 면세적용으로 부가가치세를 제외하고 계약을 체결했다"며 "국세청이 과세 추징함으로써 해당 수탁기관은 부가가치세를 대납하고 위탁기관으로부터 받아야 하는 실정"이라고 지적했다.

이어 병협은 "임상시험 용역에 부가가치세를 부과한다면 우리나라의 임상시험에 대한 가격 경쟁력이 떨어지게 될 것이 우려된다"며 "임상시험에 대한 부가가치세 대상 논의는 신중해야 한다"고 강조했다.