계약 당시 환산보증금 범위 내이어서 확정일자를 받았는데 후에 보증금이나 월세가 인상되어 환산보증금 범위를 벗어난다면, 

이런 경우에도 최초 계약시의 임대차보호법이 계속 적용되는지요?

질문하신 쟁점에 관해 정면으로 다룬 판례는 찾아보기 어려운바, 해당 쟁점에 관한 판단은 다툼의 여지가 있어 보입니다.

ps. 환산보증금을 초과하더라도 상가임대차 보호법의 일부 규정은 그대로 적용이 됩니다(제2조제1항단서, 제3항 참고)

다만, 환산보증금 액수를 규정한 상가건물 임대차보호법 시행령 부칙(대통령령 제29671호) 제2조에서는, 

환산보증금 액수를 개정한 규정(제2조제1항)은 "이 영 시행 이후 체결되거나 갱신되는 상가건물 임대차계약부터 적용한다"고 규정한바,

환산보증금 액수 초과 여부는 최초 계약 체결 시(갱신된 경우에는 갱신 시)의 임대차계약 내용을 기준으로 판단해야 하지 않을까 사료됩니다.