손익계산서상 기초재고는 0으로 표시가 됩니다. 손익계산서상 기초재고라 함은 그 전년도에 이월된 의약품금액을 의미하기 때문입니다. 첫기에는 전년도 재고가 없기때문에 당해기초상품재고액에는 0으로 표시가 됩니다.

개업을 하면서, 인수한 의약품은, "당기상품매입액"에 더해서 표시가 됩니다. 그리되면, 당해 손익계산서상 "당기상품매입액"에는 당기에 매입한 의약품금액+ 인수한 의약품가액 합으로 된 금액이 될것입니다.

손익계산서상 매출원가는 당해 조제에서 발생한 조제약 의약품원가+ 당해 일반약판매약 매입원가를 의미합니다.

넓은 의미로 일종의 경비개념인것이죠.. 

매출원가가 제대로 잡혔는지 의심스러우다면, 조제약같은경우라면 약국프로그램에서 1년치 약값이 얼만지 확인해보시면 될것입니다. (비보험이 많은 약국이라면 프로그램 원가가 실제와 다를순있음)
일반약은 판매되는 일반약의 평균적인 매입원가 비율정도로 추정해볼수 있습니다. 예를들어. 100원에 판매되는 일반의약품의 60%정도가 매입가액이라면, 1년동안 판매된 일반의약품 금액의 60%가 매출원가로 추정을 하는것이지요

종합소득세는 위에서 언급한 매출원가과 인건비, 임차료, 각종 판매비와관리금 금액에 따라 달라질것이므로, 단순이 약값으로 세금이 많다적다를 판단하기엔 어려울듯합니다. 
감사합니다