안녕하세요? 약국 인수중인 약사입니다.

권리금에 대해 세금신고하고 세금계산서 발행하기로 양도인 약사님과 협의가 되었습니다.

권리금에 대해 세금계산서를 발행할 때 일반매출에 대해서만 부가세가 발생하는 것으로 알고 있습니다.

예를 들어 권리금이 1억이라고 하고 양도하는 약국의 매출이 전문약:일반약=8:2라고 한다면 8천만원에 대해서는 면세이므로 계산서를 발행하고 2천만원에 대해서는 부가세 10%를 반영하여 2천2백만원의 세금계산서를 발행하면 되는 것이죠. 제가 알고 있는 내용이 맞는 지 확인 부탁드립니다. 

위의 내용이 맞다면

1) 전문약과 일반약 매출의 비율은 어떤 근거로 산정합니까?

2) 부가세10%는 양수인인 제가 양도인에게 지불하고 나중에 환급을 받을 수 있습니까?

3) 2)의 내용이 맞다면 전액 환급이 가능한지와 환급 시기를 알고 싶습니다.

양수인이 양도인으로부터 고용승계를 하지 않으면 포괄양수도에 해당하지 않는다고 들었는데 

1) 고용승계를 전원해야 합니까? 일부만 해도 되는 겁니까?

2) 포괄양수도에 해당하지 않는 다른 요건은 어떤 게 있는지 궁금합니다.

만약, 약국의 인수과정이 부가가치세 과세대상인 포괄적 양수도로 보지않는다면, 약사님께서 말씀하신 내용은 전부 맞는내용입니다.

그러나, 약국 인수가 사업의 포괄적양수도라면 이는 부가가치세 과세대상이 아닙니다. 즉, 세금계산서와 계산서를 발행하시면 안됩니다.

과거 몇 년전까지만 해도 사업의 포괄적양수도이더라도, 세금계산서, 계산서를 발행하면 부가가치세 과세 대상으로 인정하여, 양도인쪽에서는 부가가치세를 납부하고, 양수인은 매입세액공제를 허용해줬었습니다.

그러나, 지금은 사업의 포괄양적양수도인 경우는 세금계산서를 발행을 하더라도, 양수자의 매입세액공제를 허용해주지 않고 있습니다.

따라서, 우선 약국 인수과정이 사업의 포괄적양수도가 해당되는지를 먼저 파악해야합니다.,

실무적으로 약국 인수과정의 대부분이 사업의 포괄적양수도에 해당하여, 세금계산서, 계산서를 발행하시면 안됩니다.

혹시나 만약의 사업의 포괄적양수도가 아니라면, 약사님 말대로 면세,과세매출비율대로 세금계산서,계산서를 발행하고, 양수자는 부가가치세 신고기간(7월,1월)에 신고할 때 매입세액공제를 적용받게 됩니다.

세법에서 얘기하는 사업의 양도는 양도당시에 사업장별로 사업의 양도인이 양수인에게 모든 사업시설뿐만 아니라 그 사업에 관한 일체의 인적・물적권리와 의무를 양도하여 양도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계시키는 것입니다.

구체적으로는

1)모든 직원을 그대로 승계할 필요는 없으며, 일부 직원만 승계해도 사업의 포괄양적양수도로 봅니다

2) 실무에서 많이 발생하는 포괄적양수도로 인정받지 못하는 경우는

➀사업과 직접 관련이 있는 토지와 건물을 제외하고 양도하는 경우

➁사업자가 한 사업장 내에 둘 이상의 과세사업을 겸영하던 중 특정 과세사업만을 포괄적으로 양도하는 경우

➂종업원 전부, 기계설비 등을 제외하고 양도하는 경우

등이 있습니다.

사업의 포괄적양도 세금계산서의 발행여부는 약국 모든 시설,재고,권리금에도 적용이 되어,

부가가치세 과세대상이 아니라면, 재고자산(의약품), 시설장치 뿐만아니라 권리금에서 대해서도 세금계산서는 발행하지않고, 양수자가 권리금 기타소득에 관한 원천징수세액만 신고납부하시면 됩니다.

답변이 길어졌습니다.. 더 궁금하신 내용이 있으시면 질문 부탁드립니다~

이재명 세무사(미래세무법인)